设有19个职能科室，33个临床科室(41个病区)，15个医技科室，设有一个埌东分院，一家社区卫生服务中心和一个社区卫生服务站。重症医学科、肾内科为自治区重点专科；心血管疾病诊疗中心、呼吸内科为南宁市重点专科；儿科、心血管内科、消化内科、骨科为院级重点学科。医院拥有“南宁市呼吸道疾病研究所”、“ 南宁市儿童先天性心脏病研究所”和“南宁市心血管疾病诊疗中心”。
