南京大学鼓楼校区主要留一部分理科基础学科、文科应用学科和医学院,具体到院系为物理学院、数学系、商学院、法学院、医学院(除基础医学部)等,留鼓楼的原因除了这些学院原有固定的教学、办公、科研用楼外,更主要的考虑是这些学院与城市的关系较为密切。仙林校区以后将发展为学校主校区,主要是理科应用学科、文科基础学科及工科。现仍处过渡阶段,有些院系尚未整体迁入,等仙林校区院系楼建成后,对应院系全体师生即可全部迁入。采用“纵切”方式,可加强本科生、研究生之间交流合作,较“横切”划分更有利。