如果你们公司的所谓“综合计算工时 工作制”是一件通过当地劳动和社会保障局审批核准的,那么这种违反行为的责任不在公司,而在核准这种做法的政府机构,如果要撤销这种审批和核准行为,需要到上一级劳动和社会保障局提出行政复议申请,要求上一级劳动和社会保障局撤销当地劳动局的核准决定,纠正这种违法行为