其实你的2种看法都可以理解，把省略掉的部分加上去，就能看清楚：
This is the freedom of a real education, （the freedom）of learning how to be well-adjusted. 作并列句
This is the freedom of a real education（，real education）of learning how to be well-adjusted. 作补语
不过2个句子中间用逗号隔开，是表示并列的意思，如果表示修饰的是education,则一般不用加逗号隔开。所以，应该是按第一种，从属freedom来理解。
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