益生菌主要分为以下五类：
1、酵母菌
研究发现酵母菌具有调节肠道平衡、促进饲料转化以及提高机体免疫功能等良好的益生特性，多作为饲料添加剂用于畜禽养殖。研究较多的酵母菌有酿酒酵母属、德尔布有孢圆酵母属、假丝酵母属、威克汉姆酵母属、毕赤酵母属、布拉氏酵母属、白球拟酵母属、薛瓦酵母属、深红酵母属、粟酒裂殖酵母属、鲍氏酵母属。
2、益生芽孢杆菌
是一类对机体具有益生特性的、好氧或兼性厌氧、产芽孢的杆状细菌，为革兰氏染色阳性菌。
3、丁酸梭菌
又名酪酸梭菌，是从健康人和动物肠道中分离出的一种厌氧的革兰氏阳性芽孢杆菌。目前研究发现丁酸梭菌具有维持肠道菌群平衡、增强机体免疫功能、生成营养物质、防治肠炎等良好的益生特性。
4、乳酸菌
乳酸菌指发酵糖类主要产物为乳酸的一类无芽孢、革兰氏染色阳性细菌的总称。乳酸菌是最常见的益生菌，已经被广泛应用并认为对人和动物是安全的。
5、双歧杆菌
其是人体内存在的一种生理性细菌，是人体有益菌中最值得重视和研究的一种，它与人体的健康密不可分。
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