肿瘤的大小和核分裂象被认为是判定GISTs生物学行为最有价值的指标。Emory等提出将GISTs分为良性，潜在恶性，恶性，具体如下：恶性指标有：①肿瘤具有浸润性；②肿瘤出现远近脏器的转移。潜在恶性指标有：①胃间质瘤直径5cm，肠间质瘤直径4cm；②胃间质瘤核分裂象5个/50HPF，肠间质瘤核分裂象≥1个/50HPF；③肿瘤出现坏死；④肿瘤细胞有明显异型性；⑤肿瘤细胞生长活跃，排列密集。当肿瘤具备一项恶性指标或两项及以上潜在恶性指标时，则为恶性GISTs；仅有一项潜在恶性指标时，则为交界性GISTs，否则为良性GIST。
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