叶尼塞河有约一半的水是来自雪水，略超过1/3的水来自雨水，其余来自地下水。这一水系的大部以东西伯利亚水文模式为主：凶猛的春汛之后，首先是水位的骤降，接着慢降，夏秋降雨形成的洪水断断续续而来；冬季径流量锐减，但由于冰塞形成，水位依然很高。
